鄱阳湖严重干涸问题闹得满城风雨，矛头直指祸因三峡工程。早在三峡工程尚在设计之初，已有不少国内外相关人士警告三峡工程会给下游地区带来严重的生态灾难。多年以来，地质学家、生物学家及环境学家都警告，在人口稠密、拥有诸多珍稀物种的长江地区兴建三峡工程，更遑论附近还有地质断层通过，实属不智之举。
国外有研究长江流域二十多年的相关人士戴维斯直言「说到环境改变，兴建三峡大坝以及蓄水库是所有变异的源头。」诸多教授及学者们如刘建国、雷亨顺、谢平等都在三峡工程的整个时期，向中国政府表达反对及关注，列举多项弊处。
雷亨顺指三峡库区消落带因工程关系，无法正常净化污染物，会严重污染环境。社科院学者刘建国曾指三峡地区的生物多样性将因自然栖息地遭淹没、水流方向、气候型态改变而受波及，三峡大坝将进一步淹没这些物种所在地还有其他四百多种动植物的天然栖息地。武汉大学学者谢平亦于二○○三年时直言一旦大坝完工、下游氾滥减少，长江中段的湖泊水路系统将消失，而鱼群将因长江水位下降难以存活。
位于江西省北部、中国第一大淡水湖鄱阳湖正面临干涸危机，现正处于枯水期的大片湖区变成大草原，淡水湖变成小河沟，随处可见缺水而死的鱼虾。据统计，鄱阳湖自二○○○年起，最低水位不断被刷新，枯水期时间提前、延长。有相关人士归因于三峡工程建成，认为会对鄱阳湖造成严重的生态灾难。 由于鄱阳湖的水位逐年下降，对当地鱼类生态破坏严重。据长期从事鄱阳湖生物资源研究的相关人士指，由于近年出现罕见的春夏连旱，造成鄱阳湖部分湖底裸露，鲤鱼、鲫鱼无法进入近岸的苔草等草丛产卵，湖区只剩下水流湍急的航道，鱼类即使产卵亦会因缺乏依附物而被沖走。另外，栖息浅水区的虾、螺大量死亡，亦导致鱼类食物减少，食物链萎缩，不仅破坏生态系统，对当地渔业打击亦是严重。据了解，鄱阳湖○七年的天然鱼获量仅有○○至○六年间平均量的四成，近两年更不足三成。昔日风景优美鄱阳湖以往为候鸟越冬的栖息地，亦是世上最重要的湿地之一。作为候鸟越冬的重要栖息地与世界上最重要的湿地之一，鄱阳湖干涸对其湿地生态构成严重破坏。据渔民称，往年湖水退却后，水坑仍留有大量鱼虾作为候鸟的口粮，但今年湖床裸露，干涸崩裂，候鸟只能成群结队地「洗劫」渔民的鱼获，甚至偷食湖区周边人工养殖的鱼苗。由于缺乏足够湿地，不少候鸟开始向边远地区分散。此外，鄱阳湖水位下降亦造成周边地区出现沙漠化现象。有当地村民指，由于部分受湖水淹没的沙土外露，近年在秋冬季节的风沙一次比一次厚，甚至已淹没部分农作物。据江西省沙化土地分布图显示，目前江西沙化土地约七万二千五百公顷，其中鄱阳湖区佔三万八千九百公顷，佔全省一半以上。除了对生态造成影响外，鄱阳湖干涸亦对当地居民造成巨大影响。鄱阳湖不仅是当地渔业和航运的命脉，更是周边地区居民饮用水的「生命之源」。据了解，位于鄱阳湖边的都昌县，近年受鄱阳湖水位下降影响，县自来水公司曾多次发出供水警报。