17世纪初(1628年)，土尔扈特首领和鄂尔勒克率领其土尔扈特部迁往伏尔加河流域，和布克赛尔地区归属了准噶尔部。当时准噶尔部领地南至和硕特原驻牧地乌鲁木齐，北越乌伦古湖到达额尔齐斯河及阿勒泰山的广袤土地，和布克赛尔成了其中心地带。
17世纪30年代，清朝占领内蒙古后，巴图尔浑太吉为了恢复蒙古政治中心，安抚内部，加强团结，巩固和统一政权，成为卫拉特的著名太吉。巴图尔浑太吉为使其新建在和布克赛尔的都城真正成为准噶尔政治、经济、商业和交通中心，从俄国等国家和地区请来工程师及铁匠、木匠、泥瓦匠等，于1638年前建成了新都城。和布克赛尔于1640年建成为准噶尔部首都所在地。所建都城中有四卫拉特首领们的宫殿，还建了各种寺庙、商铺、农产品加工、手工作坊，真正成为具有固定居民的城镇。那时，卫拉特内部争战休止、统一政权巩固、经济发展、兵源充足，可谓是“准噶尔四卫拉特牢固地立于世界之上，其国家进入了一个繁荣昌盛时期”。
准噶尔部首都遗址位于和布克赛尔县城东南5千米处。城呈正方形，由外城、内城和宫殿城组成，城市周长一千米多，城墙现在仍保持着原样。
　　外城指城的围墙。它是石基土墙，现存最高处5米多，墙顶宽7米多。墙基块一人难以抱起，据说这些石头是从南山运来的。城北面有一大门，门宽10米多，城四角有哨位，城外有护城堑。
　　内城位于外城内，城墙为砖泥结构，砖长43厘米，宽25厘米，高11厘米。内墙中有许多房屋遗址，个别房墙仍直立在那里。内城中的街道排列整齐，可见当时的繁华。内城正中央有巴图尔浑太吉所建寺庙遗址，在这里发现了许多佛像。寺庙中有过许多宫阙、佛殿和房屋，这些都是供那些传播黄教的活佛和喇嘛用的。
　　宫殿城位于内城中部，由整个城中最突出、最宏伟、最华丽的建筑组成，这就是当年准噶尔的巴图尔浑太吉的住处，也是有关历史文献中所说的“准噶尔的皇宫”。在宫殿旁有个大型红宝塔。据现在的老人们说：1945年前这个塔尚完好无损，后被雷电击毁。从中出土过准噶尔时期的铜壶和一些经文。外城北部有许多民房遗迹，可能是当时的商铺、城市居民、汗宫卫兵的住处和仓库及饲养家畜(禽)的场所。在城区内现在仍然可以找到许多旧时的砖头瓦块，其上刻有兽头、鸟类、花草图案。从这些我们可以推断出当年修建城市时是有计划的，建筑具有各种样式，并较为细致美观，它体现了卫拉特蒙古文化特色和建筑艺手术风格。城中出土过一些用胡都木文、托忒蒙文和藏文书写的经书，现藏于和布克赛尔县
档案处。另外还出土了一些准噶尔时期的盔甲和铜器。
　　遗址从地理位置上看也当属一座美丽的城市。两面被披着翠绿草木的山冈所怀抱，南面有连片的森林，西面有肥沃的耕地，城中有丰富的水源。这里景色宜人，水草丰美，山中野生动物繁多，百花争艳，百鸟争鸣，草原上牛羊遍布。所以，巴图尔浑太吉把自己准噶尔部的首都建在了这里。