中佛协作出过这样的声明：
　　1983年4月9日国务院批转《国务院宗教事务局关于确定汉族地区佛道教全国重点寺观的报告》，其中将兴教寺列为汉族地区全国重点寺院。在未经兴教寺僧团同意的情况下，拆除兴教寺的部分建筑，改变寺院的传统建筑格局和设施，将使僧团修学生活受到严重影响，正常宗教活动无法进行，兴教寺必然丧失宗教活动场所的功能，改变其宗教活动场所的属性。若将兴教寺改建为佛教文化风景区，更是直接改变其宗教活动场所的属性。任何改变兴教寺宗教活动场所属性的行为，必须经国务院批准同意，否则是无效和非法的。
　　因此，当地政府及相关部门没有权力以任何理由对兴教寺僧寮、斋堂进行强拆，否则就是对寺院基本属性进行实质上的非法变更。

如今一边是文物部门再次打着各种旗号要强拆兴教寺，一边是长安区的招商项目正虎视眈眈。李利安教授说：“既然有了这么明显的开发意图，即使仅仅是意图，难道僧人们不能担心吗？？”更何况现状已经风雨交加，故伎正在重演！！
　　玄机：只见命令与狡辩，不见宗教与文物部门相商

在担心的远远不止僧人们，民众们以前所未有的热情关注此事，力图保护兴教寺不受商业运作染指。同时，大家也一直呼吁希望文物和宗教部门、政府与寺院能够通过合理协商来解决问题。
　　然而就在此当口，又一个疑点浮现出来：
　　在关于事件的相关报道中，我们几乎没有看到任何文物与宗教部门协商的消息。地方文物部门及文物相关人士扮演的角色始终是为驱僧找各种理由，长安区民宗局除了说“在没有达成共识之前，我们绝不会动兴教寺的一砖一瓦”外，就是忙着为曲江系避嫌。如果检索关于所谓“违建”的信息，出来表态的也是文物部门，兴教寺所反馈的情况是寺院建筑的报批也一直与当地文物部门打交道。
　　人们不禁要问：为何总是只见政府的命令与文物部门的狡辩，却始终不见几个相关部门就此事进行协商呢？？
　　如果元芳在，他也一定会说：此事必有蹊跷。那么“玄机”究竟在哪里？？

由此线索，在互联网上找到的结果令人大吃一惊。2010年1月14日发布的名为《西安十三区县机构改革方案确定》的报道中，明确指出西安市十三区县政府分别设四个直属事业机构，其中长安区的情况是：区民族宗教事务局。

长安区政府机构改革是在2010年进行，这个时间非常值得推敲。
　　2007年，兴教寺加入丝绸之路联合申遗。2011年西洽会长安区集中签约项目中赫然列有总投资8000万元的“兴教寺佛教文化旅游景区”项目。2012年长安区招商局发布的西安兴教寺旅游区项目规划中指明该项目总投约2.3亿，预算年盈利可达3000万，并可在6年内全部收回投资。

而政府机构改革恰恰在这一系列规划的进程之中！！如此用意再明显不过，长安区民族宗教事务局专为此规划而设。可见西安政府在职权机构的层面早有预谋，两个部门，同一套班子，要圈地时，披上“文物画皮”，要占寺时，盖上“宗教画皮”，两张“画皮”来回换，呼风唤雨，一手遮天。对内把兴教寺掐得死死的，让僧团后退无路，申诉无门；对外在媒体上制造假象，糊弄大众。不知就里的哪里想得到竟有此一招！！

宗教、文物部门怪异嫁接，企业身影鬼魅般若隐若现，兴教寺命运风雨飘摇，大众在悲愤一片之时，自然纷纷猜测背后推手。有人指出现任西安市副市长、陕文投集团董事长段先念与兴教寺申遗脱不了干系。

作为“房地产风云人物”，段先念向来熟练于用文化粉饰地产，其模式是：圈地→文化艺手术炒作→全球招标搞规划→贷款→基础建设→招商引资→地价成倍甚至数量级翻番→出让土地获得资金→炒文化概念、建主题公园→土地再次升值。总之，地圈到哪里，哪里就会有一片真遗产沦陷，假文物突起。

在段的眼里，古老文化只是让资金聚拢，地价升值，政绩攀升的筹码，佛教圣地只是贴着“宗教文化”标签的商品，千年的历史和人文积淀只是可供打造的原材料，这一切都可以用人民币兑换，可以与权力等价。
　　靠啃西安古老文化的“老本”，段副市长一路飞黄腾达。兴教寺塔如此重要的佛教文化遗迹，跨国申遗如此“高端洋气”的大手笔，他怎会安然端坐，不闻不问？？巧的是，兴教寺此前所发公开信中提及3月7日到兴教寺视察落实申遗工作的领导名单中正有段先念的大名。如此“鼎鼎大名”的段副市长“亲临指导”，兴教寺怎可能不危机重重。