五站镇名源于境内古驿站名。清代初期，1736年8月（清乾隆元年七月），开辟乌兰诺尔（今肇源县新站）至呼兰城（今哈尔滨市呼兰区呼兰镇）之间的一条驿道，共设六台站，第五站为扎洛霍硕台（今五站）。“五站”原址在今五站镇平安村宋九江屯南一公里处，后因地势低洼，移至今址。故称其地为“五站”。清末，隶属呼兰府管辖。中华民国时期，归呼兰县管辖。东北沦陷后，1932年设乐安镇。1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年4月，划归新设置的乐安县管辖，县政府驻五站街。同年7月，撤销乐安县，划归肇东县管辖，设置第十一区，后改为五站区。1951年9月，将区政府驻地五站改设区级镇，同年11月改为村级镇。1956年3月，并村划乡，五站镇改为乡级镇。1958年3月，撤销五站区。同年9月，将五站镇与安居乡合并成立红旗人民公社。1960年1月，将东发公社并入红旗公社。1961年4月，将原东发公社划出，设置东发公社，并将红旗公社更名为五站公社。1984年3月，改为五站镇。五站镇历史悠久，始建于清朝1736年，有266年历史的古老之镇，经过几代人的开发建设特别是改革开放以来的开发建设，已经成为农村牧副全面发展，工商运建服综合经营的经济发达之镇，五站甚称“物华天宝、人杰地灵”。