紧紧围绕“三个坚决”，建立经常性排查、全覆盖整顿工作机制。以坚决防止发生大规模暴恐案件、坚决遏制暴恐案件多发频发势头、坚决防止暴恐活动向内地发展蔓延为目标，建立全方位、过滤式的经常性摸排机制，动态掌握基层党组织状况。敢于揭疤亮丑，不捂不盖，逐个“过筛子”、“画准像”、“把准脉”，摸清底数。凡是暴力恐怖案件事发地和宗教极端思想渗透的村、论坛、学校等一律列为整顿重点；凡是存在党组织凝聚力战斗力不强、落实维稳措施不得力等情形的，逐一会诊、分析研判，应纳尽纳、一个不漏。
突出问题导向，以重点难点问题解决推进整顿工作深入深化。坚持整顿目标突出维护稳定。把去极端化作为整顿工作的重中之重，严格落实基层干部联系宗教活动场所和宗教人士制度，强化重点人员、问题青年管理，建管用好村民服务中心，疏堵结合、综合施策，遏制极端、管住“三非”，坚决铲除暴恐活动滋生土壤。
确定整顿的基层党组织，由县市区党委常委会一村一策研究确定整治、巩固、提升方案，定目标、定措施、定任务，一定三年不变，第一年抓重点问题整治，第二年抓成果巩固，第三年抓水平提升。扎实推进“访民情惠民生聚民心”活动，全面开展村级组织“星级化”创建工作，确保加强基层党组织建设、整顿软弱涣散全覆盖。