目前，电子票据在《票据法》中尚未确立合法的地位，法律地位的缺失使得电子票据在交易中的一些风险与纠纷无法界清。
　　在实际操作过程中，电子票据的签发和流动、资金划拨、结算，均是网上虚拟实现，电子交易的签章只通过电子签名的形式来实现，但是我国的《票据法》尚未承认经过数字签章认证的非纸质的电子票据的支付和结算方式。因此，电子票据在受到法律方面的保障上，会受到一定的影响。
　　出现纠纷取证难
　　由于电子票据的的格式、核押方式均由商业各银行自行确定的，而作为交易活动的客户方，无法掌握电子票据的真实性，一旦客户和银行之间发生因泄密、被盗、篡改等业务纠纷。商业银行利用自己管理电子数据的优势，提供对自己有利的证据，而客户由于不掌握电子数据的管理权，则难以取得对商业银行不利的网上银行的电子数据证据，这会有失公平。对于使用电子票据的企业或个人来说，当与商业银行发生纠纷时，客户无法取证、取证难，这也加大了客户的风险。如何防范背飞的道德风险呢？
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　　喜氏电子票据交易撮合平台呼吁广大票友在贴现的时候一定要通过正规的渠道或第三方平台进行贴现。喜氏电子票款见证系统是联合恒生云融共同研发，专为广大票友在票据贴现时提供安全高效的服务，平台创新采用“先打款后背书”的交易模式，即买方先打款至上海银行监管专户，卖方确认资金到账后再背书，上海银行系统核验电票签收成功再解付资金，保障交易安全，类似银行间交易的DVP（票款对付）模式。就像淘宝模式一样，保障了交易的顺利进行。
　　财务上的风险
　　电子票据在财务上，可能需要转开成纸质票据，而其与直接背书的的纸质票据的转让相比，电子票据的质押转开会同步增加客户应收和应付票据，增加客户的负债率，不利于财务表表的优化。
　　IT风险
　　对于电子票据，其还面临电子载体的各种系统性风险。包括数据文件丢失、系统瘫痪、网络攻击风险等等，这也是电子载体安全问题的共性，但是这方面的风险是比较小的，毕竟人民银行系统的安全性还是有一定保障的。
　　目前，电子票据系统的整个管理程序，在安全防范上，都显得过于“粗心”，对道德风险的防范也不足，因此这也是电子票据的使用过程中的道德风险问题。